El parásito al penetrar al hospedero por lesiones en piel o mucosa, puede invadir gran variedad de células,
donde se transforma para dar lugar al amastigote, el cuál es la forma replicativa intracelularmente. Eventualmente, estas formas intracelulares dan lugar a las formas de tripomastigote que se encuentra frecuentemente en sangre, por medio de la cual se disemina a otras células y tejidos. Durante esta fase sanguínea puede ser ingerido por el transmisor. Dentro del vector, estas formas se transforman en epimastigotes, forma móvil y replicativa en el intestino medio del transmisor; esta forma es la que se reproduce más fácilmente en cultivos convencionales para T. cruzi. Este parásito presenta diferencias antigénicas entre sus fases así como también antígenos compartidos y ninguna los presenta inmunodominantes; a diferencia de otros tripanosomàtidos no se le han comprobado mecanismos de variación antigénica.
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